Iniciou a sua carreira de treinador principal na seleção de Cabo Verde, em 2008. Passou depois pelo AD Ceuta, Farense, Atlético e UD Oliveirense, equipa que orientou na temporada passada, tendo terminado o campeonato da segunda liga na oitava posição.
João de Deus sucede assim a Paulo Alves, que orientou o Gil Vicente nas últimas quatro épocas.
